با توجه به حوزه فعالیت مرکز اقدامات مناسبی برای توسعه زیرساخت ­های نرم (مانند بیوبانک ها، نظام ­های ثبت، مطالعات کوهورت و …) صورت گرفته­ است.

1. این مرکز از سال 1381 ثبت بیماری های دستگاه گوارش فوقانی و تحتانی که برای بررسی غربالگری یا علائم گوارشی مراجعه کرده اند را بصورت گزارشات تصویری بعنوان یکی از سه مرکز اول ایران انجام داده است.
2. از سال 1381 ثبت بیماری های پانکراتوبیلیاری را بعنوان اولین مرکز ERCP درمانی در اصفهان را انجام داده که ابتدا بصورت کاغذی و سپس با ساخت یک نرم افزار اختصاصی بصورت الکترونیک ثبت شده است.
3. از سال 1384 ثبت داده های آزمایشگاهی و پاتولوژی و بانک لام و بلوک های همه بیماران مراجعه کننده به مرکز را انجام داده است.
4. از سال 1394 ثبت بیماری های التهابی روده (IBD) و بیماری سلیاک (Celiac) را آغاز کرده است.
5. از سال 1398 ثبت بیماران CRC را آغاز کرده و دیتا بانک مربوطه و فرم های الکترونیک پرسشنامه های جهت جمع آوری اطلاعات بیماران CRC تهیه شده است. در همین رابطه بیوبانک مربوط به نگهداری خون و بافت بیماران CRC راه اندازی و کلیه مستندات مربوطه اعم از دستورالعمل و SOP استفاده از بیوبانک مطابق با استانداردهای موجود و نیز نرم افزار بیوبانک تهیه گردید.
6. اطلاعات مربوط به بیماران سرطان های ارثی دستگاه گوارش و سرطان های ارثی مرتبط نیز در بانک داده های مرکز جمع آوری می گردد.